Bottom-Up蛋白质组学（自下而上蛋白质组学）通过对蛋白质进行酶解，再利用质谱技术分析肽段，从而实现蛋白质的鉴定与定量。而在众多质谱平台中，Orbitrap质谱仪凭借其高分辨率、高灵敏度和卓越的质量精度，成为Bottom-Up蛋白质组学中不可或缺的核心工具。在本文中，我们将深入探讨Orbitrap质谱如何赋能高效的Bottom-Up蛋白质组学分析，并介绍百泰派克生物科技在该领域的实践经验和技术优势。

一、Bottom-Up蛋白质组学分析现状

Bottom-Up方法的核心在于将复杂的蛋白质混合物通过胰蛋白酶等特异性酶切割成肽段，然后通过LC-MS/MS对肽段进行检测与分析。

该方法适用于：

1、大规模蛋白质鉴定

2、蛋白质定量（如label-free、TMT、iTRAQ等）

3、翻译后修饰（PTMs）分析

4、生物标志物发现

Bottom-Up策略的挑战也很显著，包括：

1、肽段复杂性高，检测灵敏度要求高

2、数据量庞大，对分析算法和质谱性能依赖极大

二、Orbitrap质谱的关键优势：精准、敏感、高通量

Orbitrap是一种电静态质量分析器，其核心特点如下：

1、亚ppm级质量精度

Orbitrap能提供远优于传统四极杆或离子阱质谱的质量精度，有助于准确识别肽段，降低假阳性率。

2、高分辨率（最高可达1,000,000）

高分辨率使得研究人员可以区分质量极为接近的肽段，尤其适合复杂样品的深度解析。

3、出色的动态范围和灵敏度

可检测样品中低丰度肽段，对信号强度差异极大的样本尤为有效。

4、多种碎裂模式支持（如HCD、ETD）

可灵活选择碎裂方式，更适用于翻译后修饰（如磷酸化、乙酰化等）分析。

百泰派克生物科技基于Thermo Orbitrap Exploris和Fusion Lumos平台，开发了一整套适用于不同样本类型和研究目的的Bottom-Up蛋白组学流程，兼顾深度覆盖率、定量准确性与数据可重复性。

三、Bottom-Up蛋白质组学分析的关键流程

1、样本制备与蛋白质酶解

标准化的蛋白质提取与胰酶酶解流程，是数据一致性的保障。百泰派克采用S-Trap或FASP等高效方法，实现肽段的高回收率与低变异性。

2、色谱分离：纳升流LC的核心地位

使用纳升流（nanoLC）液相色谱系统（如EASY-nLC 1200）可显著提升肽段分离效率，减少信号抑制现象。我们定制优化的梯度程序使得上机时间和分离效果达到最佳平衡。

3、质谱检测：Orbitrap平台优势全面释放

通过Data Dependent Acquisition（DDA）或Data Independent Acquisition（DIA）模式采集数据，并结合最新的预测算法和Spectral Library，实现高置信度的肽段鉴定与蛋白定量。

4、数据分析：从原始信号到生物学解释

我们采用Proteome Discoverer、MaxQuant、Spectronaut等主流软件，并结合自主优化的QC流程，确保结果的可解释性与生物学意义。

百泰派克生物科技一站式解决方案

百泰派克Bottom-Up蛋白质组学优势：

1、高通量平台：支持单次上机鉴定超7000个蛋白

2、个性化方案设计：根据研究目的量身定制

3、强大生信支持：专业分析团队提供差异分析、富集分析、通路解析等报告

4、高质量交付：提供原始数据、可视化图表、完整报告

无论您是探索生物标志物、揭示疾病机制，还是开展药物靶点筛选，我们都能为您提供可靠的数据支撑。Bottom-Up蛋白质组学是解码蛋白质功能和网络的有力工具，而Orbitrap质谱的加入，使得这一工具更为精准、敏捷、高效。百泰派克生物科技愿携手广大科研人员，用高质量蛋白组数据助力生命科学研究迈向新高度。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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